Hemos establecido 3 modalidades de investigación: Desarrollo tecnológico, Desarrollo de la Competitividad y Desarrollo de alianzas y colaboraciones científicas y sociales, a partir de las cuales podemos ofrecer contenido innovador, mejoramiento de productos, procesos o modelos de gestión y tomar iniciativas comunes alineadas a los objetivos de AMETESA.
También definimos líneas de investigación como una estrategia organizativa, para la vinculación entre los intereses de los investigadores y la necesidad social para la toma de decisiones en salud, de manera sólida: Evaluación económica parcial de tecnologías sanitarias, Evaluación económica completa de tecnologías sanitarias, Revisiones sistemáticas, Resultados de salud, Calidad de vida, Carga de la enfermedad, Análisis de datos de la vida real y Toma de decisiones en salud.